Fakultas Kelautan dan Teknologi Perikanan (FKTP) merupakan salah satu fakultas di Universitas Negeri Gorontalo yang memiliki sejarah transformasi yang panjang. Keberadaan FKTP UNG diawali pada Tahun 2000 yaitu adanya mandat bagi STKIP Gorontalo untuk membuka program studi nonkependidikan, yaitu berdasarkan SK Nomor 280/DIKTI/KEP/2000 tentang penyelenggaraan program D3 Pertanian, di mana Perikanan merupakan salah satu konsentrasi pada program D3 tersebut. Pada Tahun 2001, STKIP berubah status menjadi IKIP Negeri Gorontalo melalui Keppres RI Nomor 19 tahun 2001. Pada Tahun 2003, konsentrasi Perikanan jurusan D3 Pertanian berkembang menjadi dua program studi, yaitu Program Studi D3 Budidaya Perairan dan Program Studi D3 Teknologi Hasil Perikanan. Tahun 2004 IKIP Negeri Gorontalo beralih status menjadi Universitas Negeri Gorontalo (UNG) berdasarkan Keppres RI No. 54 Tahun 2004 dan terbentuk juga Fakultas Ilmu- ilmu Pertanian yang membawahi tiga jurusan, salah satunya Jurusan Teknologi Perikanan (Program Studi D3 Budidaya Perairan dan D3 Teknologi Hasil Perikanan).

Tahun 2009, Fakultas Ilmu-ilmu Pertanian mendapat izin untuk menyelenggarakan Program Sarjana dengan Surat Keputusan Departemen Pendidikan Nasional, Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 1582/D/T/2009 tanggal 31 Agustus 2009 dengan nama Program Studi Manajemen Sumber Daya Perairan. Kemudian diikuti oleh Program Studi Budidaya Perairan dengan ijin penyelenggaraan No. 1933/D/T/2009 tanggal 28 Oktober 2009 dan Program Studi Teknologi Hasil Perikanan dengan izin penyelenggaraan No. 2328/D/T/2009 tanggal 7 Desember 2009. 

Tahun 2014, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK) terbentuk melalui Surat Keputusan Rektor UNG Nomor 869/UN47/OT/2014 dengan menaungi tiga jurusan/program studi yaitu Program Studi S1 Manajemen Sumber Daya Perairan, Program Studi S1 Teknologi Hasil Perikanan dan Program Studi S1 Budidaya Perairan. Pada tahun 2023 usulan pembukaan Program Studi S1 Ilmu Kelautan disetujui dengan terbitnya Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia No. 383/E/O/2023 tanggal 2 Mei 2023.

Sejalan dengan pengembangan dan rencana strategis Universitas Negeri Gorontalo, pada tahun 2023 Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan kemudian berganti nama menjadi Fakultas Kelautan dan Teknologi Perikanan (FKTP) melalui Surat Keputusan Rektor UNG No. 1252/UN47/HK.02/2023. Pada tahun 2024 usulan pembukaan Program Studi Teknologi Penangkapan Ikan disetujui melalui Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia No. 450/E/O/2024 tanggal 15 Juli 2024. Sejak tahun 2024, FKTP memiliki lima jurusan/program studi sarjana, yaitu Manajemen Sumber Daya Perairan (MSDP), Budidaya Perairan (BDP), Teknologi Hasil Perikanan (THP), Ilmu Kelautan (IK), dan Teknologi Penangkapan Ikan (TPI).