Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan merupakan fakultas baru dan tergolong relatif masih muda karena baru berdiri pada bulan September 2014, yaitu dengan adanya Surat Keputusan Rektor UNG Nomor 869/UN47/OT/2014 tentang Pembentukan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Negeri Gorontalo. Sebelum berdiri sendiri fakultas ini masih merupakan salah satu jurusan di Fakultas Ilmu-ilmu Pertanian Universitas Negeri Gorontalo, yaitu Jurusan Teknologi Perikanan yang terdiri dari 3 (tiga) Program Studi dan 1 (satu) Laboratorium. Ketiga program studi tersebut yaitu program Studi S1 Teknologi Hasil Perikanan (THP), S1 Budidaya Perairan (BDP), dan S1 Manajemen Sumberdaya Perikanan (MSP).Seiring dengan terbentuknya Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan melalui SK Rektor Nomor 869/UN47/OT/2014 maka dilakukan penyesuaian organisasi kelayakan Fakultas. Selanjutnya dalam rangka penataan pengorganisasian di lingkungan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan sesuai SK Rektor Nomor: 1140/UN47/OT/2014 tanggal 03 November 2014 tentang Alih Status Program Studi menjadi Jurusan di lingkungan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, maka 3 (tiga) Program Studi tersebut ditetapkan menjadi Jurusan/Program Studi, sehingga namanya menjadi Jurusan/Program Studi Teknologi Hasil Perikanan (THP), Jurusan/Program Studi Budidaya Perairan (BDP), dan Jurusan/Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP). Demikian pula halnya dengan laboratorium yang awalnya masih tergabung dalam 1 (satu) laboratorium disesuaikan menjadi tiga laboratorium sesuai dengan tuntutan organisasi jurusan berdasarkan SK Rektor Nomor: 1742/UN47/KP/2014 tanggal 01 Desember 2014 tentang Pengangkatan Ketua Jurusan, Sekretaris Jurusan dan Kepala Laboratorium di Lingkungan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Negeri Gorontalo. Adapun nama-nama laboratorium tersebut adalah Laboratorium Bioteknologi dan Karakteristik Hasil Perikanan, Laboratorium Aquaculture, Pakan dan Penyakit, dan Laboratorium Hidrobioteknologi dan Biometrika.